(http://i.imgur.com/BzkuFxn.gif)
Recentemente meu pendrive pegou um vírus, e esse fez o favor de ocultar as pastas de uma forma que nem via "configurações de pasta" do Windows resolveu.
Nesse caso, encontrei no Google uma solução bem simples. Basta abrir o "Prompt de Comando", entrar na unidade com problema e digitar: attrib /S /D -s -h
Pronto, já era, missão cumprida!
Para os noobs de plantão, vejam esse vídeo: http://youtu.be/fZ1gUCUW_eA